วรรณีได้รับรางวัลด้านการพัฒนาธุรกิจและการพัฒนาการศึกษาจากหลายสถาบันทั้งในประเทศไทยและต่างประเทศ อาทิ

• รางวัลนักลงทุนหญิงโดดเด่นแห่งอาเซียน จากเครือข่ายนักลงทุนหญิงอาเซียน พ.ศ. 2561[27][28]
• รางวัลบุคคลตัวอย่างในภาคธุรกิจการศึกษา จากมูลนิธิสภาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2558[29]
• รางวัลศิษย์เก่าดีเด่น จาก Ojai Valley School, รัฐแคลิฟอร์เนีย, สหรัฐอเมริกา พ.ศ. 2557[6]
• รางวัล "คุณครูคุณธรรมสตรีไทย" จากเครือข่ายโรงเรียนคุณธรรม ดร. เทียม โชควัฒนา พ.ศ. 2556[30]
• บุคคลตัวอย่างในภาคธุรกิจการศึกษา จากมูลนิธิสภาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2556[31]
• รางวัล “โรงเรียนคุณธรรม” จาก จากเครือข่ายโรงเรียนคุณธรรม ดร. เทียม โชควัฒนา พ.ศ. 2555